공공데이터 분쟁조정을 신청하고자 하는 국민은 공공데이터포털(https://www.data.go.kr), 팩스, 이메일 등을 통하여 분쟁조정 신청서를 접수 가능함
분쟁조정사건이 접수되면 위원회는 사건에 대한 사실조사를 하고 조정을 위한 회의를 개최하며, 회의결과 및 당사자 의견을 고려하여 조정안을 제시함. 양 당사자가 조정안을 수락하면 조정이 성립되며, 조정의 내용은 재판상 화해와 동일한 효력을 가짐(공공기관은 특별한 사정이 없는 한 조정안을 수락할 의무가 있음)